河海大学2009年共计划招收硕士研究生2200名，含推荐免试、单独考试、MBA联考招生计划。其中单独考试招生计划40名，主要招收中国人民解放军海军和学校对口支援的新疆、西藏自治区高等学校教师的考生；工商管理硕士（MBA）专业学位研究生计划招生260名。对单位委托培养的硕士研究生，若考试成绩符合基本要求，学校将优先录取。
考生网上报名时间为2008年10月10日至31日；现场确认网报信息时间为2008年11月10日至14日，考生须携带有效身份证件，凭报名号到各省级招办指定的报考点确认报名信息，并进行缴费、现场采集图像；考试时间为2009年1月，以教育部规定为准。
复试将采用差额复试的办法，复试内容包括思想品德考核、专业知识考核、综合素质和能力测试、外语口语测试等；复试方式包括笔试和综合面试。具体复试方案学校将及时在研究生院网站公布。
为激励研究生勤奋学习，积极创新，学校设有10多种优秀硕士研究生奖学金，最高等级为46000元。
