中文核心期刊《科学学与科学技术管理》杂志第8期发表了中国管理科学研究院科学学研究所武书连、吕嘉、郭石林的《2005中国大学研究生院评价》。中国科学院研究生院、中国社会科学院研究生院、清华大学研究生院、北京大学研究生院等17所研究生院再次入选中国一流研究生院。中国科学院研究生院列全国自然科学第一名，中国社会科学院研究生院列全国社会科学第一名。
文章认为，中国一流研究生院代表中国最高学术水平，能够就读中国一流研究生院的A++级学科，将得到全国最好的专业教育。文章指出，研究生教育是创新教育，学生需要更多的时间与导师接触。与大学相比，科研单位的师生比不高，在科研单位就读研究生能得到导师更多时间的指导，满足学生接触导师的需要。因此，如果有条件，可以考虑到科研单位就读研究生。
本年度中国一流研究生院的标准与上两年相同，即：在中国研究生院评价中，获得工学前7名、理学前4名、医学前3名，农学前2名、管理学前3名、文学前3名、经济学前2名、法学前2名、历史学、教育学、哲学第1名的研究生院。中国一流研究生院各学科的入选数量根据各学科门的博士生导师数量和开设该学科的院校数量确定。
按照以上标准，在2005年我国405所大学、244个科研单位，共计649个研究生培养单位（不含军事院校、不含主要为军事工程服务的科研单位，不含第九批硕士点单位）中，有17所研究生院入选中国一流研究生院。一流研究生院的入围数量和名单与上两年完全相同，体现出中国一流研究生院具有稳定性。17所一流研究生院中，科研单位3个，大学13个，还有1个既是科研单位又是大学，就是中国医学科学院又名中国协和医科大学。
2005中国一流研究生院名单见下表。其中竞争最激烈的工学第三名被上海交通大学夺得，原第三名浙江大学降为第四名。
2005中国一流研究生院名单（共17所）
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中国科学院研究生院 |
理学第一名、工学第二名 |
中国社会科学院研究生院 |
经济学第一名、哲学第一名、历史学第一名、文学第二名、法学第二名 |
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清华大学研究生院 |
工学第一名、管理学第二名 | ||
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中国医学科学院研究生院 |
医学第一名 | ||
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中国农业科学院研究生院 |
农学第一名 |
北京大学研究生院 |
法学第一名、文学第一名、 理学第二名、医学第二名 |
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西安交通大学研究生院 |
管理学第一名、工学第七名 | ||
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北京师范大学研究生院 |
教育学第一名 |
中国农业大学研究生院 |
农学第二名 |
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浙江大学研究生院 |
工学第四名、管理学第三名 |
南京大学研究生院 |
理学第三名 |
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中国人民大学研究生院 |
经济学第二名 |
复旦大学研究生院 |
医学第三名、文学第三名 |
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中国科学技术大学研究生院 |
理学第四名 |
上海交通大学研究生院 |
工学第四名 |
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哈尔滨工业大学研究生院 |
工学第五名 |
华中科技大学研究生院 |
工学第六名 |
